Marie dostala do rukou království de facto ve stavu občanské války. Princové i bohatí magnáti se paktovali s Maury, Francouzi, Portugalci, Aragonci – proti sobě navzájem i proti královně a snažili se vytěžit z chaosu každý pro sebe co nejvíc. Konkurenti se likvidovali jedem, ale i pomluvou, zákeřným přepadením, nájemnými lupiči, sprostou vraždou i zradou v boji, kdy schopný velitel dostal rozkaz krýt ústup a byl opuštěn podpůrnými jednotkami a udolán přesilou. Více stran mělo zájem na únosu Sanchova syna, aby uchvátili regentství. Bylo zlikvidováno mnoho takových pokusů.

Marie se mohla opřít jen o královská města, především Valladolid, Toro, Toledo a jejich vojáky, o podporu církve, měšťanů a běžného lidu. Propagovala svou vládu jako záchranu poddaných, měst a integrity celého království před neomezenou zvůlí bohatých a mocných ricos omes.

Například don Manuel byl schopný sám vypravit do války tisícihlavou armádu těžkooděnců, plus podpůrné jednotky a zásobování, razil svou vlastní měnu a psal a vydával knihy. Klany Haro, Lara a Castro byly ještě mocnější.

Královna Marie vládla mečem i slovem, byla vynikající rétor.

Vypráví se o případu, kdy s vojskem přitáhla před vzbouřené město, s podporou známých z města proklouzla dovnitř, postavila se na náměstí a promluvila k občanům takovou řeč, že se město vzdalo bez boje. V jiných případech sama vedla armádu do obléhání a dobývání měst.

Královské majetky prořídly válkami a investicemi do politických svazků, proto si královna tvrdě hlídala odúmrtě, aby následně s půdou a městy mohla dále splétat nová politická spojenectví jak osobně, tak přes síť manželek, pomocí úplatků a darů půdy a královských úřadů.

Když ji magnáti obžalovali ze zpronevěry královských poplatků za rozhodování soudních pří, pozvala celý soudní dvůr k sobě domů, kde viděli, že sama jí z dřevěného nádobí a má pouze jeden stříbrný pohár na víno. Doložila pečlivě vedenými účty, že nic nezpronevěřila a navíc dávala většinu vlastních příjmů na podporu království. Přesto byla Marie přinucena sdílet regentství se Sanchovým strýcem Enriquem Senátorem. Povedlo se jí oslabit své nejsilnější nepřátele, klany Lara a Haro, a obrátit je proti sobě.

Nakonec si Marie vydobyla obratným jednáním, politickými sňatky, dary půdy, skvělou rétorikou a s podporou měst a jejich armád, kastilských soudů a církve takovou pozici, kdy ji i její vlastní nepřátelé respektovali a žádali ji o rozsouzení svých pří. V roce 1300 se jejím vojákům povedlo zajmout hlavního nepřítele Juana Núňez de Lara a odbojné koalice se počaly rozpadat. Královna zároveň vedla aktivní zahraniční politiku nejen u blízkých sousedů ale i ve Francii, Římské curii, italských městských státech, Byzanci, Anglii, Švédsku. Vystupovala a jednala tak, aby sloužila jako ideál mocné křesťanské královny opřené o církev, mluvilo se o ní na nejprestižnějších dvorech. V roce 1301 se Marii podařilo získat od Bonifáce VIII. papežský dispens, kterým legitimizovala svůj sňatek se Sanchem a své potomky jako dědice trůnu. Ve stejný rok nastoupil na trůn její syn Ferdinand a její první regentství oficiálně skončilo. Královna se uchýlila na odpočinek do svého soukromého kláštera, ale nadále zůstala mocným hybatelem vnitropolitických sil v Kastílii a ovlivňovala i zahraniční politiku na západ od Rýna.